L’étude NutriNet-Santé s'appuie sur l'engagement financier de partenaires exclusivement institutionnels et publics : Ministère de la Santé : Direction Générale de la Santé (DGS), Institut de Veille Sanitaire (InVS), Institut National de Prévention et d’Education pour la Santé (INPES) ; et du personnel de l’Inserm, l’Inra, le Cnam et l’Université Paris 13. Elle bénéficie également de soutiens de fondations (Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), Association de Recherche sur le Cancer (ARC), Fondation Cœur et Artères (FCA) et de la Région Ile-de-France (CORDDIM).
Le financement spécifique pour la mise en place du programme BioNutriNet est assuré par l’Agence Nationale de la Recherche (appel d’offre ALID 2013).
